勞動(dòng)合同法第九條規(guī)定:用人單位招用勞動(dòng)者，不得扣押勞動(dòng)者的居民身份證和其他證件。

你公司要求你將畢業(yè)證，專(zhuān)業(yè)資格證書(shū)原件交由公司保管，可能有這樣一種情況，國(guó)家對(duì)一些特殊行業(yè)要進(jìn)行監(jiān)管，對(duì)公司內(nèi)的專(zhuān)業(yè)人員有從業(yè)資格的要求。因此，每年要進(jìn)行年檢審核，其中專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員的證件就是年檢的重點(diǎn)項(xiàng)目，被檢查公司按國(guó)家的規(guī)定應(yīng)有多少專(zhuān)業(yè)技術(shù)人員，而這些人員的學(xué)歷，職稱，崗位職業(yè)技能證書(shū)就是必檢材料。

因此，單位保留你的相關(guān)證件可能與上述有關(guān)。如果是扣押證件就違法了。建議你與公司溝通一下妥善解決。